Kabupaten ini terletak di sebelah selatan Kabupaten Biak Numfor dan sebelah utara Kabupaten Nabire, juga merupakan Kabupaten yang terdiri dari kepulauan.
Dulu kabupaten ini bernama Kabupaten Yapen Waropen, namun karena terbentuknya Kabupaten Otonom Waropen sebagai pemekaran dari wilayah Kabupaten Yapen Waropen, maka untuk menghindari kesalahpahaman duplikasi nama, maka diubah menjadi Kabupaten Kepulauan Yapen.
Di kabupaten ini juga terkenal dengan gadis-gadisnya yang manis dan cantik, karena kebanyakan sudah banyak asimiliasi dengan warga keturunan china, dan yang lain.
Namun sayang, menurut saya tingkat pembangunan di Kabupaten ini tergolong sangat lambat, tidak tau apa yang menyebabkannya.
Dari jaman dulu sampai sekarang belum ada perubahan yang mencolok di daerah ini, kecuali gedung-gedung perkantoran.
Bandara yang layak pakai pun belum terlalu memadai, hubungan ke kota ini pun yang lancar hanya melalui daerah laut, melalui kapal penumpang.